Как профессиональный клуб основан в 1991 году. В 1991 году играл во второй низшей союзной лиге. В 1992—1993 годах играл в первой лиге первенства России, лучшее достижение — 7-е место в зоне «Восток» первой лиги 1993 (не хватило всего 2 очков для выхода в новую, объединённую первую лигу 1994).
В этот период за команду играли такие игроки, как Юрий Пудышев (был играющим тренером), Александр Харасахал, Владимир Мисюченко, Александр Музыка, Александр Зенько, Павел Шеремет и другие, а возглавлял команду известный советский футболист и тренер Владимир Кесарев.
В 2008—2010 годах играл в первенстве ЛФЛ (ЛФК) в зоне «Дальний Восток». Обладатель Кубка Дальнего Востока 2010 года. С 2011 года вновь выходил на профессиональный уровень и был участником II дивизиона/Первенства ПФЛ (зона «Восток»).
8 апреля 2017 года РФС исключил ФК «Якутия» из своих рядов
